Während der externe Datenschutzbeauftragte eine neutrale Position in der Organisation einnehmen kann, gibt es für interne Datenschutzbeauftragte auf Grund langjähriger Beziehungen in der Organisation häufig Interessenskonflikte.

Auf Grund seiner neutralen Position im Unternehmen kann der externe Datenschutzbeauftragte hervorragend zwischen Geschäftsleitung, Mitarbeitern und eventuellen Dritten vermitteln. Das führt zu einer schnellen Umsetzung von Maßnahmen und erhöht deren Akzeptanz immens.
Als Mitarbeiter ist es dagegen häufig schwierig, diese neutrale Position einzunehmen, da Hierarchien, langjährige Kollegenbeziehungen und eigene Interessen ausbalanciert werden müssen. Außerdem können schnell interne Konkurrenz-Situationen mit z. B. Betriebsrat/Personalvertretung auftreten, die zu langwierigen Auseinandersetzungen führen.

Jedoch haben Mitarbeiter den Vorteil die Betriebsabläufe und Gewohnheiten bereits zu kennen und nicht erst vor Ort in die örtlichen und betrieblichen Gegebenheiten eingearbeitet werden zu müssen.